Contrairement aux autres grands zoos new-yorkais, celui-ci n'est pas administré par la Wildlife Conservation Society, il fut créé en août 1933 par Harold O'Connel, lequel intégra moins d'un an après, le 24 juillet 1934, la nouvelle Staten Island Zoological Society (« Societé zoologique de Staten Island ») tout comme Ellsworth Buck, le Dr James Chapin, George Allison, et Howard Worzel. Initialement, le zoo était axé sur les reptiles, en particulier une collection de serpents présenté dans le serpentarium. Bien que les collections du zoo se sont diversifiées depuis sa création, celle consacrée aux serpents à sonnettes est toujours considérée de nos jours comme parmi la plus grande et la plus complète d'Amérique du Nord. La collection actuelle comprend plus de 1500 animaux de plus de 350 espèces différentes.